Факултетният съвет на Медицинския факултет се избира от Общото събрание за четиригодишен мандат.

Този орган взема решения по повечето промени и инициативи, свързани с образованието, научните изследвания и други дейности във факултета. Съветът преценява целесъобразността на предложенията, постъпващи от катедрите, за обявяване на щатни позиции за асистенти, доценти, професори, както и за техния избор.

Структурата на Факултетния съвет е определена в съответствие с разпоредбите на Закона за висшето образование